Тя е един от средновековните български паметници, във Велико Търново ползващи се днес с най-голяма популярност.

Построена е, украсена и стенописана по заповед на българския владетел Иван Асен II в чест на голямата победа на българите над войските на епирския владетел Теодор Комннн при Клокотница на 22.1 II. 1230 г.

През XIII—XIV в. била една от най-хубавите и най-богати църкви на манастира "Велика лавра" и царска църква през царуването на Иван Асен II.

В годините на османското иго църквата вероятно дълго време до първата половина на XVIII в., се запазила като християнска.

Още с превръщането й в джамия (теке) стенописите й били замазани с вар, а иконите и иконостасът изгорени.

След освобождението от османско иго започват и първите частични археологични проучвания — през 1906 и 1914 г.

Системните археологични разкопки започнаха едва през 1969 г. Те продължават и днес и дават възможност да се изяснят етапите в изграждането на църквата. През 1972 г. в североизточната част на църквата на 1,10 м от северния зид, точно срещу олтарното пространство, бе разкрито християнско погребение на два метра под нивото на църквата. В гроба бяха намерени скелет на мъж, дълъг 190 см, част от сърмена тъкан, а на ръката на скелета — масивен златен пръстен — печат, тежащ 61,1 г, на който във вид на дъга ясно и четливо е изписано Калоянов пръстен.

Заключенията на антрополозите и научните изследвания на историци, археолози и химици дават основание на специалистите от Българската академия на науките да приемат за работна хипотеза, че е открит гробът на българския цар Калоян.  До днес оригинални са се запазили двата реда колони в същинската част на църквата. При преправките на джамията през XIX в. те не са били изхвърлени, а само надстроени, за да достигнат до новия по-висок таван. Три от тези колони са изключително ценни за българската история паметници с надписи — Асеновата, Омур-таговата и колоната от крепостта Родосто.

Надписът на Асеновата колона е посветен на голямата историческа победа на българите от 1230 г., след която границите на България достигнали до Черно, Егейско и Адриатическо море, българската държава израснала като мощна сила на Балканския полуостров, а нейната столица "Велико Търново"  станала "втори Константиноград, трети Рим за цялото славянство".

Точно срещу Асеновата колона е поставена другата колона с надпис, свързан със строителната дейност на българския владетел хан Омуртаг. Омуртаговият надпис вълнува със здравата си житейска философия: "Хан ювиги Омуртаг, направих преславен дом на Дунава и като измерих (разстоянието) помежду двата всеславни дома, направих на средата могила. От самата среда на могилата до стария ми дворец има 20 000 разтега и до Дунава има 20 000 разтега. Споменатата пък могила е всеславиа и като измериха земята, направих тези писмена. Човекът дори и добре да живее умира и друг се ражда. Нека роденият по-късно, като разгледа тези (писмена), да си спомни за този, който ги е направил. Името пък на владетеля е Омуртаг, кан ювиги. Дано бог му даде да проживее сто години".

Освен колоните с надписи до наши дни са запазени и някои стенописи, работени от майстори от Търновската живописна школа — картинен календар за месеците август и ноември в четири реда.

Разкопките във и около църквата продължават на широк фронт. С тяхното завършване окончателно ще се изяснят множеството факти и моменти от историята на този изключителен средновековен български архитектурен и исторически паметник.